La Commission indépendante est composée de membres indépendants de l’AEQES et des établissements d’enseignement supérieur de la Fédération Wallonie-Bruxelles. Cette commission a pour mission d'instruire les procédures d'avis global adresées par les établissements à l'AEQES à l'occasion de leur évaluations institutionnelles.
Les membres de la Commission indépendante sont Guy Aelterman, Bernadette Charlier, Ronny Heintze, Geneviève Le Fort, Jacques Moreau et Thérèse Zhang.
