Les organes de l'Agence sont le Comité de gestion, le Bureau, les groupes de travail et la Cellule exécutive. Les décisions de l'Agence sont prises par le Comité de gestion ; le Bureau prépare les décisions du Comité de gestion et assure toutes les missions que ce dernier lui délègue dans son règlement d'ordre intérieur ; les groupes de travail approfondissent les thématiques débattues au sein du Comité de gestion ; la Cellule exécutive est chargée de mettre en œuvre les décisions du Comité de gestion et du Bureau et veille à la bonne organisation des évaluations.
Les membres du Comité de gestion, du Bureau et de la Cellule exécutive s'engagent à respecter le code de déontologie établi par l'Agence.
L’Agence s’est également dotée d’une commission de reconnaissance d'évaluation/d'accréditation menée par d'autres organismes ainsi que d'une commission de gestion des plaintes, cette dernière agissant de façon indépendante de l'Agence.
Les trois dernières instances mises en place au sein de l’AEQES l’ont été, à partir de 2018, dans le but de soutenir le bon déroulement de la phase pilote actuellement en cours :
- le comité de pilotage de la phase pilote (CoPIL), qui remplit une fonction mixte d’avis, de préparation des travaux et de coordination de la phase pilote. Le CoPIL est constitué des membres du Bureau, d’une référente méthodologique, de deux membres de la Cellule exécutive, ainsi que de représentants des établissements et de l’ARES;
- le conseil d’appui méthodologique (CAM), qui agit comme instance d’avis et qui est composée de membres indépendants de l’Agence et des établissements d’enseignement supérieur de la Fédération Wallonie-Bruxelles ;
- la commission de recours, qui peut être saisie pour traiter en indépendance et impartialité les éventuels recours introduits par les établissements pilote ayant sollicité la procédure d’avis global.
