La Haute École Charlemagne est née de la fusion de trois établissements d’enseignement supérieur organisés par la Fédération Wallonie-Bruxelles : Les Rivageois (Institut d’enseignement supérieur pédagogique et économique à Liège) ; l’ISI (Institut supérieur industriel de Huy à Gembloux et Verviers) et l’Institut d’enseignement supérieur pédagogique, paramédical et économique (à Huy et Verviers). Son pouvoir organisateur est Wallonie-Bruxelles Enseignement (WBE).

Actuellement, la Haute École Charlemagne organise plus de 30 formations de bachelier et master dispensées au sein de cinq départements : Agronomique, Technique, Économique, Pédagogique, Biomédical. Les formations de la Haute École Charlemagne sont données sur six implantations.