Le plan stratégique de l'AEQES a pour objectif d'apporter à toutes les parties prenantes de l'Agence un éclairage sur sa vision, ses missions, ses valeurs et d’identifier les priorités poursuivies de 2021 à 2025.

Élaboré par le groupe de travail "Autoévaluation et stratégie", débattu et validé par le Comité de gestion en novembre 2020, ce plan 2021-2025 fait suite au premier plan stratégique de l'Agence (2016-2020) .