Diplômée en langue et littérature française, Elly Theunissen-Maessen a été enseignante de langue française pendant une vingtaine d'années avant d'occuper, de 2008 à 2011, la fonction de manager du bureau des évaluations de la faculté « Commercieel Management » de la Zuyd Hogeschool aux Pays-Bas. Dans le cadre de cette fonction, elle a également été responsable de la gestion de la qualité de cette faculté.
Depuis 2011, elle occupe la fonction d'expert-auditeur qualité pour la Zuyd Hogeschool. Récemment elle a été certifiée comme lead auditor pour l'enseignement supérieur par Hobéon Pays-Bas (organisme membre associé à l'ENQA, European Association for Quality Assurance in Higher Education).
Elle a participé, pour l'AEQES, à l'évaluation externe des bacheliers en Marketing et en Commerce extérieur en 2010-2011 (évaluations initiales) au titre d'expert de l'éducation et de la gestion de la qualité.
Par la suite, elle a également participé à l'évaluation externe d'un bachelier en Soins infirmiers et des bacheliers en Gestion des transports et logistique d'entreprise en 2013-2014.