Docteure en philosophie (1988), Gertrudis Van de Vijver enseigne à l'Université de Gand où elle est professeure ordinaire et directrice du Centre for Critical Philosophy. Ses recherches portent, entre autres, sur la téléologie, l'auto-organisation et la complexité. Elle approche ces thèmes à partir de la philosophie transcendantale, kantienne et post-kantienne, et a contribué à en clarifier les articulations épistémologiques dans les domaines de la cybernétique, de la biologie et des théories psychodynamiques. En histoire de la philosophie, elle s'est occupée surtout de la tradition critique (transcendantale) et phénoménologique. Elle travaille comme psychanalyste en pratique privée.
En matière d'évaluation, elle fait partie de la commission scientifique de philosophie du FWO (Flandre) et de la commission SHS-3 (Sciences Humaines et Sociales) du FNRS, dont elle a été présidente de 2009 à 2015.