L'EPHEC asbl comprend : un établissement d'enseignement de promotion sociale (EPS), l'EPHEC formation continue et la Haute École (HE) EPHEC.

La HE EPHEC organise ses formations sur trois sites : Woluwé (bacheliers en Commerce extérieur, Comptabilité, Droit, e-Business et Marketing), Louvain-la-Neuve (bacheliers en Comptabilité, Marketing et Technologie de l'informatique) et Schaerbeek (bachelier en Automatique et en Électromécanique).

L'asbl est dirigée par le pouvoir organisateur (ci-après PO) qui est constitué par l'assemblée générale de l'asbl. Un conseil d'administration a autorité sur le directeur de l'EPS et sur le collège de direction de la HE. Le PO a également autorité directe sur le conseil de gestion de l'EPS et sur le conseil de gestion de la HE. Le collège de direction de la HE a, à son tour, autorité sur le directeur de la catégorie économique.

La catégorie économique comprend un certain nombre de départements, chaque département étant dirigé par un responsable de département par implantation.