Afin de garantir une constance dans l'application de la méthodologie de l'Agence et une équité de traitement entre tous les établissements mais également de gérer en indépendance le traitement des plaintes, l'établissement qui le souhaite peut s'adresser à la Commission de gestion des plaintes, en cas d'échec de la médiation avec la Cellule exécutive.
La Commission de gestion des plaintes est composée de trois personnes : l'une désignée par l'établissement plaignant, une autre désignée par le Comité de gestion, la troisième désignée conjointement par les deux parties. Les membres siégeant dans la Commission de gestion des plaintes sont exempts de tout lien avec l'établissement qui introduit la plainte et n'occupent pas de mandat au Comité de gestion de l'Agence.
La procédure d'introduction d'une plainte est disponible au sein du manuel qualité de l'AEQES. Cette information se trouve également au sein du guide à destination des établissements.
